"OncoScore": Neue Datenbank für Krebsforschung
Software erfasst risikobehaftete Gene und beurteilt ihre Gefährlichkeit
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Gentafel: Neue Software sorgt für Durchblick (Foto: pixelio.de/Gabi Schoenemann) |
Mailand (pte001/24.04.2017/06:00) Mitarbeiter der Università di Milano - Bicocca http://www.unimib.it haben eine innovative Software zur Unterstützung der Krebsforschung entwickelt. Mithilfe von "OncoScore" http://bioconductor.org werden menschliche Gene je nach dem mit ihnen verbundenen Erkankungsrisiko erfasst und in einer Rangliste geordnet.
PubMed als Datenquelle
Als Datenbasis dient die in der US National Library of Medicine enthaltene PubMed ncbi.nlm.nih.gov/pubmed , in die seit 1949 über 27 Mio. wissenschaftliche Forschungsergebnisse und Zitate eingetragen wurden. "OncoGene erfasst nicht nur kontinuierlich neue krebsbezogene Gene, sondern klassifiziert sie je nach Gefährlichkeit mit einer Punktzahl", sagt Projektleiter Carlo Gambacorti-Passarini. Rund 30 Prozent der insgesamt 20.000 menschlichen Gene gehören zu dieser Katergorie.
Die Datensammlung wird mithilfe der neuartigen Software alle sechs Monate automatisch aktualisiert. Manuell wäre dies undenkbar, da je Patient zwischen 20 Mio. und drei Mrd. Gensequenzen untersucht werden. Die Database kann bei Bedarf auch monatlich auf den neuesten Stand gebracht werden. "An Genauigkeit und Aktualität gemessen, gibt es nichts Vergleichbares", so der italienische Dozent für Blutktrankheiten.
Punktzahl entscheidend
Gene mit geringem Krebsbezug werden anhand der wissenschaftlichen Zitate als solche erkannt und mit einer entsprechend niedrigen Punktzahl belegt. Das Gusb, ein von der Glucuronsäure abgeleitetes Glycosid, wird beispielsweise mit 20 Punkten bewertet. Bei bestimmten, sehr häufig zitierten Genen kann die Punktzahl aber auch auf über 100 steigen. Einzelheiten der wssenschaftlichen Untersuchung wurden in der Fachzeitschrift "Nature Scientific Reports" http://nature.com veröffentlicht.
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